2005年2月	脳血管研究センターとリハビリテーション・精神医療センターの自立的・効率的な運営体制のあり方として、地方公営企業法の全部適用及び地方独立行政法人化の適否を検討することとした『新行財政改革推進プログラム』が策定される。
2005年6月	「県立病院改革プロジェクト検討チーム」を設置し、地方公営企業法の全部適用と地方独立行政法人化の適否について検討を開始する。
2007年1月	県立病院改革プロジェクト検討チームが、「弾力的な事業運営」「弾力的な人事管理」の点において「地方独立行政法人化」が適当であるとした『県立病院の運営体制としての地方公営企業法の全部適用及び地方独立行政法人化の検討結果』を取りまとめる。
2007年3月	「県立病院運営体制検討委員会」を設置し、県立病院改革プロジェクト検討チームの検討結果を基に、脳血管研究センターとリハビリテーション・精神医療センターの運営体制のあり方について検討を行い、地方独立行政法人化が適当であるとした報告書を取りまとめる。
2007年7月	「県立病院法人化推進会議」を設置し、新たな地方独立行政法人の設立と、法人への円滑な移行に向けて検討を開始する。
2008年6月	県立病院法人化推進会議が、「運営組織」「人事管理制度」「中期目標」「財務会計」などの法人の基本的な事項について、『県立病院の法人化に関する基本方針』として取りまとめる。
2008年8月	「県立病院法人設立準備委員会」を設置し、地方独立行政法人秋田県立病院機構（仮称）の設立に向けて諸事項の検討を開始する。
2008年10月	地方独立行政法人秋田県立病院機構の定款が定められる。 （県議会9月定例会において可決承認）
2009年3月	地方独立行政法人秋田県立病院機構の設立が認可される。 （総務大臣認可、3月26日付け総財公第44号）
2009年3月	地方独立行政法人秋田県立病院機構に承継される権利及び義務が定められる。 （県議会12月定例会において可決承認）
2009年4月	地方独立行政法人秋田県立病院機構設立（4月1日登記）
2009年4月	地方独立行政法人秋田県立病院機構の中期目標が定められ法人に指示される。 （県議会2月定例会において可決承認）
2009年4月	地方独立行政法人秋田県立病院機構の業務方法書が認可される。
2009年4月	地方独立行政法人秋田県立病院機構の中期計画が認可される。 （県議会4月臨時会において可決承認）
2009年4月	地方独立行政法人秋田県立病院機構の業務実施に必要な財産が譲与される。 （県議会4月臨時会において可決承認）
2009年4月	初代理事長に安井信之（脳血管研究センター長）　就任
2013年4月	第2代理事長に鈴木明文（脳血管研究センター長）　就任
2013年12月	地方独立行政法人秋田県立病院機構の中期目標（第２期）が定められ法人に指示される。 （県議会第2回定例会12月議会において可決承認）
2014年3月	地方独立行政法人秋田県立病院機構の中期計画（第２期）が認可される。 （県議会第1回定例会2月議会において可決承認）
2014年8月	設立団体である秋田県から、現行の中期計画を変更し「脳血管研究センターにおいて循環器分野の強化を図り、脳・循環器疾患の包括的な医療提供体制の整備を実施すること」を反映した計画とするよう求められる。
2015年1月	中期計画（第２期）の変更の認可（第１回）を申請する。（秋田県の求めにより、脳・循環器疾患の包括的な医療提供体制の整備に関する具体的な取組を盛込み、現計画に記載のない事項や収支等に大幅に影響を与える内容について限定的に変更する内容）
2015年3月	中期計画（第２期）の変更（第１回）が認可される。（県議会第１回定例会２月議会において可決承認）
2015年4月	脳血管研究センターにおいて、旧成人病医療センターの医療資源を活用した循環器分野の診療を開始する。
2016年1月	旧衛生看護学院の土地の増資を内容とした定款の変更が認可される。 （県議会第2回定例会12月議会において可決承認。総務大臣変更認可1月4日付け総財公第2号）
2017年1月	中期計画（第２期）の変更の認可（第2回）を申請する。（脳・循環器疾患の包括的な医療提供体制の整備に必要な増築棟の建設、医療機器等の整備及び既存棟改修工事設計の実施並びに循環器分野の経営実績などを踏まえ、関連する事項や収支・予算を変更する内容）
2017年3月	中期計画（第２期）の変更（第2回）が認可される。（県議会第1回定例会2月議会において可決承認）
2017年4月	秋田県立脳血管研究センター新棟建設及び既存棟改修工事に着手する。
2018年3月	地方独立行政法人法の一部改正に伴う監事の職務及び権限並びに任期等の規定を整備する定款の変更が認可される。 （県議会第1回定例会2月議会において可決承認。総務大臣変更認可3月22日付け総財公第52号）
2018年4月	地方独立行政法人法の一部改正に伴う法人の業務の適性を確保するための体制等を整備する
2018年11月	旧成人病医療センターの土地の増資及び脳血管研究センターの名称変更を内容とした定款の変更が認可される。 （県議会第2回定例会9月議会において可決承認。総務大臣変更認可11月27日付け総財公第138号）
2018年12月	地方独立行政法人秋田県立病院機構の中期目標（第３期）が定められ法人に指示される。 （県議会第2回定例会12月議会において可決承認）
2019年2月	秋田県立脳血管研究センターの名称を秋田県立循環器・脳脊髄センターに改める業務方法書の変更が認可される。
2019年3月	秋田県立循環器・脳脊髄センター脳心血管病診療棟（新・西棟）の運用を開始する。 地方独立行政法人秋田県立病院機構の中期計画（第３期）が認可される。 （県議会第1回定例会2月議会において可決承認）
2020年4月	地方独立行政法人法の一部改正に伴う役員等の損害賠償責任に関する事項の整備に関する業務方法書の変更が認可される。
2023年12月	地方独立行政法人秋田県立病院機構の中期目標（第４期）が定められ法人に指示される。 （県議会第3回定例会12月議会において可決承認）
2024年3月	地方独立行政法人秋田県立病院機構の中期計画（第４期）が認可される。 （県議会第1回定例会2月議会において可決承認）